wenn man einen XJR-Motor in eine FJ baut, hat man etwas Platzproblem mit dem Antriebsritzel, welches beim XJR-Motor etwas weiter draußen ist und schon fast am Rahmen streift.
Du willst es anderstrum machen, müßte soweit problemlos passen, höchstens ein Offsetritzel drauf machen, das die Kettenflucht besser stimmt.
Frag aber mal in FJ-Forum nach, da haben einige Erfahrungen mit solch Motorverpflanzungen und kennen die Unterschiede recht gut.
http://www.carookee.de/forum/Yamaha-FJWürde aber tendentiell auch eher zu einem 1300er Motor raten.